Thuế GTGT của doanh nghiệp thương mại điện tử: Cách kê khai và những vấn đề cần lưu ý

Kinh doanh thương mại điện tử ngày càng phát triển với nhiều mô hình như bán hàng trên Website, Facebook, Shopee, TikTok Shop, Lazada, Tiki… Khi doanh thu tăng và hoạt động bán hàng mở rộng, việc quản lý thuế GTGT cũng trở nên quan trọng hơn.

Đối với doanh nghiệp thương mại điện tử, vấn đề không chỉ nằm ở việc xác định thuế suất bao nhiêu mà còn phải quản lý chính xác doanh thu, hóa đơn đầu ra, hóa đơn đầu vào, hàng hoàn, phí sàn, chi phí quảng cáo và các khoản thanh toán.

Bài viết dưới đây giúp doanh nghiệp có cái nhìn tổng quan về thuế GTGT trong hoạt động thương mại điện tử theo các quy định đang áp dụng năm 2026.

Lưu ý: Chính sách thuế và hóa đơn điện tử có nhiều thay đổi trong giai đoạn 2025–2026. Doanh nghiệp cần căn cứ đúng loại hàng hóa, dịch vụ và tình trạng thực tế của mình khi kê khai.

1. Thuế GTGT là gì?

Thuế giá trị gia tăng (GTGT) là loại thuế tính trên giá trị tăng thêm của hàng hóa, dịch vụ phát sinh trong quá trình sản xuất, lưu thông và tiêu dùng.

Luật Thuế GTGT số 48/2024/QH15 có hiệu lực từ ngày 01/07/2025 và quy định về đối tượng chịu thuế, đối tượng không chịu thuế, người nộp thuế, căn cứ tính thuế, phương pháp tính, khấu trừ và hoàn thuế GTGT.

Đối với doanh nghiệp thương mại điện tử, việc bán hàng online không làm thay đổi bản chất nghĩa vụ thuế GTGT. Doanh nghiệp vẫn phải xác định đúng hàng hóa, dịch vụ cung cấp, thuế suất tương ứng và thực hiện kê khai theo phương pháp áp dụng.

2. Doanh nghiệp TMĐT bán hàng online có phải chịu thuế GTGT không?

Thông thường, doanh nghiệp bán hàng hóa, cung cấp dịch vụ thuộc đối tượng chịu thuế GTGT thì phải thực hiện kê khai và nộp thuế theo quy định.

Việc doanh nghiệp bán hàng thông qua:

Website.
Facebook.
Shopee.
TikTok Shop.
Lazada.
Tiki.
Các nền tảng thương mại điện tử khác.

không đồng nghĩa với việc doanh thu bán hàng được miễn thuế GTGT.

Điểm quan trọng là doanh nghiệp phải xác định chính xác:

Bán sản phẩm gì → thuộc đối tượng nào → áp dụng thuế suất nào → lập hóa đơn ra sao → kê khai như thế nào.

3. Các mức thuế suất GTGT doanh nghiệp TMĐT cần quan tâm

Theo quy định về thuế GTGT, hàng hóa và dịch vụ có thể thuộc các nhóm:

Không chịu thuế GTGT.
Thuế suất 0%.
Thuế suất 5%.
Thuế suất 10%.

Đối với nhóm hàng hóa, dịch vụ không thuộc các nhóm áp dụng mức 0% hoặc 5%, mức thuế suất thông thường là 10%.

Tuy nhiên, trong giai đoạn hiện nay cần đặc biệt lưu ý chính sách giảm 2% thuế GTGT đang được áp dụng đối với một số nhóm hàng hóa, dịch vụ thuộc diện 10%, theo Nghị quyết số 204/2025/QH15.

Theo thông tin chính thức được công bố, chính sách giảm thuế này áp dụng từ ngày 01/07/2025 đến hết ngày 31/12/2026 và không áp dụng cho một số nhóm hàng hóa, dịch vụ được loại trừ.

Vì vậy, doanh nghiệp TMĐT không nên mặc định tất cả sản phẩm đều là 8% hoặc 10%.

Cần kiểm tra từng nhóm hàng hóa, dịch vụ trước khi lập hóa đơn.

4. Doanh nghiệp TMĐT tính thuế GTGT theo phương pháp nào?

Doanh nghiệp cần xác định phương pháp tính thuế GTGT áp dụng cho mình.

Với phương pháp khấu trừ, số thuế GTGT phải nộp được xác định theo nguyên tắc:

Thuế GTGT phải nộp = Thuế GTGT đầu ra – Thuế GTGT đầu vào được khấu trừ

Điều kiện khấu trừ và hồ sơ, chứng từ phải đáp ứng quy định pháp luật về thuế và hóa đơn, chứng từ.

Đây là lý do doanh nghiệp TMĐT cần đặc biệt quan tâm đến việc quản lý hóa đơn đầu vào.

Ví dụ, doanh nghiệp có thể phát sinh:

Hóa đơn mua hàng.
Hóa đơn vận chuyển.
Hóa đơn quảng cáo.
Hóa đơn dịch vụ phần mềm.
Hóa đơn dịch vụ kho.
Hóa đơn phí dịch vụ từ các nền tảng.

Nếu chứng từ không đầy đủ hoặc không đáp ứng điều kiện khấu trừ, doanh nghiệp có thể không được khấu trừ phần thuế GTGT đầu vào tương ứng.

5. Thuế GTGT đầu ra của shop online được xác định như thế nào?

Doanh nghiệp cần quản lý doanh thu bán hàng theo từng giao dịch và từng kênh.

Ví dụ doanh nghiệp bán hàng trên:

Website + Shopee + TikTok Shop + Facebook

thì dữ liệu doanh thu cần được tổng hợp và đối soát đầy đủ.

Không nên chỉ lấy số tiền thực nhận vào tài khoản ngân hàng để xác định doanh thu.

Bởi giữa doanh thu bán hàng và tiền thực nhận có thể phát sinh:

Phí sàn.
Phí thanh toán.
Phí vận chuyển.
Chiết khấu.
Khuyến mại.
Hàng hoàn.
Điều chỉnh đơn hàng.
Các khoản khấu trừ khác.

Do đó, doanh nghiệp cần xây dựng quy trình:

Đơn hàng → Doanh thu → Hóa đơn → Khoản khấu trừ → Tiền thực nhận → Kế toán

6. Phí sàn thương mại điện tử có làm giảm doanh thu tính thuế GTGT không?

Đây là vấn đề nhiều doanh nghiệp TMĐT thường nhầm lẫn.

Giả sử:

Giá bán hàng: 1.000.000 đồng

Sàn khấu trừ:

Phí dịch vụ: 50.000 đồng
Phí thanh toán: 20.000 đồng
Chi phí khác: 30.000 đồng

Số tiền doanh nghiệp thực nhận có thể chỉ còn 900.000 đồng.

Tuy nhiên, doanh nghiệp không nên mặc định rằng doanh thu bán hàng chỉ là 900.000 đồng.

Cần phân biệt:

Doanh thu bán hàng

và

các khoản phí, chi phí bị khấu trừ

để hạch toán và kê khai đúng bản chất giao dịch.

Đây là lý do đối soát doanh thu với dữ liệu của sàn là một công việc rất quan trọng.

7. Chi phí quảng cáo có liên quan đến thuế GTGT như thế nào?

Doanh nghiệp TMĐT thường phát sinh chi phí:

Facebook Ads.
TikTok Ads.
Google Ads.
Shopee Ads.
Lazada Ads.
KOL/KOC.
Dịch vụ Marketing.

Khi phát sinh các khoản chi phí này, doanh nghiệp cần kiểm tra:

Nhà cung cấp là ai?
Hóa đơn/chứng từ có đầy đủ không?
Giao dịch thuộc trường hợp nào?
Có phát sinh nghĩa vụ thuế liên quan đến nhà cung cấp nước ngoài hay không?
Điều kiện khấu trừ thuế đầu vào có đáp ứng không?

Đặc biệt với các dịch vụ cung cấp bởi nhà cung cấp nước ngoài qua nền tảng số, doanh nghiệp cần xem xét riêng theo quy định hiện hành.

8. Hóa đơn điện tử và thuế GTGT của doanh nghiệp TMĐT

Hóa đơn điện tử là một phần quan trọng trong hệ thống kế toán thương mại điện tử.

Từ ngày 01/07/2026, Nghị định 254/2026/NĐ-CP quy định chi tiết về hóa đơn điện tử và chứng từ điện tử, trong đó nguyên tắc chung là khi bán hàng hóa, cung cấp dịch vụ, người bán phải lập hóa đơn điện tử theo quy định, trừ các trường hợp được pháp luật quy định không phải sử dụng.

Nội dung hóa đơn phải phản ánh đầy đủ các thông tin theo quy định, trong đó có thông tin về hàng hóa, số lượng, đơn giá, thành tiền, thuế suất GTGT và tiền thuế GTGT.

Vì vậy, doanh nghiệp TMĐT cần xây dựng quy trình liên kết giữa:

Đơn hàng → Hóa đơn điện tử → Doanh thu → Kế toán → Kê khai thuế

9. Bán hàng qua nhiều kênh cần quản lý thuế GTGT như thế nào?

Một doanh nghiệp có thể bán cùng một sản phẩm trên nhiều kênh.

Ví dụ:

Kênh bán hàng	Nội dung cần quản lý
Website	Đơn hàng, doanh thu, hóa đơn, thanh toán
Facebook	Đơn hàng, chuyển khoản, COD
Shopee	Đơn hàng, phí sàn, doanh thu, thanh toán
TikTok Shop	Đơn hàng, phí nền tảng, thanh toán
Lazada	Đơn hàng, phí sàn, doanh thu
Tiki	Đơn hàng, phí dịch vụ, thanh toán

Nếu không tổng hợp dữ liệu, doanh nghiệp rất dễ xảy ra:

Bỏ sót doanh thu.
Ghi nhận trùng doanh thu.
Sai số tiền thực nhận.
Sai lệch giữa doanh thu và hóa đơn.
Khó xác định thuế GTGT đầu ra.

10. Quy trình quản lý thuế GTGT cho doanh nghiệp TMĐT

ACC Training đề xuất doanh nghiệp xây dựng quy trình gồm:

Bước 1: Thu thập dữ liệu bán hàng

Tổng hợp dữ liệu từ Website, Facebook, Shopee, TikTok Shop, Lazada, Tiki…

Bước 2: Đối soát đơn hàng

Kiểm tra đơn giao thành công, đơn hủy, đơn hoàn và đơn điều chỉnh.

Bước 3: Xác định doanh thu

Đối chiếu dữ liệu bán hàng với hệ thống kế toán.

Bước 4: Kiểm tra thuế suất

Xác định đúng thuế suất theo từng loại hàng hóa, dịch vụ.

Bước 5: Kiểm tra hóa đơn

Đối chiếu hóa đơn đầu ra và đầu vào.

Bước 6: Đối soát thanh toán

Đối chiếu với ngân hàng, COD, ví điện tử và các nền tảng.

Bước 7: Kê khai thuế

Tổng hợp số liệu và thực hiện kê khai theo kỳ áp dụng.

Bước 8: Lưu trữ hồ sơ

Lưu trữ hóa đơn, chứng từ, báo cáo và dữ liệu đối soát phục vụ kiểm tra khi cần.

11. Những sai lầm về thuế GTGT doanh nghiệp TMĐT thường gặp

❌ Lấy số tiền thực nhận từ sàn làm doanh thu mà không đối soát.

❌ Không phân biệt doanh thu và phí sàn.

❌ Áp dụng sai thuế suất.

❌ Không theo dõi hàng hoàn, hủy.

❌ Thiếu hóa đơn đầu vào.

❌ Không kiểm tra điều kiện khấu trừ thuế GTGT đầu vào.

❌ Không đối chiếu doanh thu với hóa đơn.

❌ Bán hàng trên nhiều kênh nhưng không có hệ thống tổng hợp dữ liệu.

❌ Chỉ xử lý số liệu vào thời điểm gần hạn kê khai.

12. Doanh nghiệp TMĐT cần chuẩn bị gì để quản lý thuế GTGT?

Doanh nghiệp nên xây dựng tối thiểu các nhóm dữ liệu:

Dữ liệu bán hàng

Đơn hàng.
Doanh thu.
Hàng hoàn.
Hàng hủy.

Dữ liệu hóa đơn

Hóa đơn đầu ra.
Hóa đơn đầu vào.
Hóa đơn điều chỉnh.

Dữ liệu thanh toán

Ngân hàng.
COD.
Ví điện tử.
Cổng thanh toán.
Tiền từ sàn chuyển về.

Dữ liệu chi phí

Phí sàn.
Phí vận chuyển.
Chi phí quảng cáo.
Chi phí kho.
Chi phí dịch vụ.

Dữ liệu quản trị

Doanh thu.
Giá vốn.
Chi phí.
Lợi nhuận.
Dòng tiền.
Tồn kho.

13. Dịch vụ kế toán thương mại điện tử của ACC Training

ACC Training hỗ trợ doanh nghiệp TMĐT xây dựng hệ thống kế toán và quản lý thuế phù hợp với mô hình bán hàng đa kênh.

Dịch vụ bao gồm:

Kế toán doanh thu

Theo dõi doanh thu theo từng kênh.
Đối soát đơn hàng.
Đối soát thanh toán.
Đối soát COD.

Quản lý hóa đơn

Theo dõi hóa đơn đầu vào.
Theo dõi hóa đơn đầu ra.
Kiểm tra dữ liệu hóa đơn.
Đối chiếu hóa đơn với doanh thu.

Quản lý chi phí

Giá vốn.
Phí sàn.
Phí vận chuyển.
Chi phí quảng cáo.
Chi phí vận hành.

Báo cáo quản trị

Báo cáo doanh thu.
Báo cáo lãi lỗ.
Báo cáo dòng tiền.
Báo cáo tồn kho.
Báo cáo công nợ.
Dashboard quản trị.

Thuế và báo cáo tài chính

Kê khai thuế.
Theo dõi nghĩa vụ thuế.
Lập báo cáo tài chính.
Hoàn thiện hồ sơ kế toán.

Kết luận

Thuế GTGT của doanh nghiệp thương mại điện tử không chỉ là việc lấy doanh thu nhân với một mức thuế suất.

Để kê khai đúng, doanh nghiệp cần kiểm soát toàn bộ chuỗi dữ liệu:

Đơn hàng → Doanh thu → Hóa đơn → Thuế suất → Chi phí → Thanh toán → Kê khai thuế

Đặc biệt trong mô hình bán hàng đa kênh, việc đối soát dữ liệu giữa Website, sàn thương mại điện tử, ngân hàng, đơn vị vận chuyển và hệ thống kế toán là yếu tố rất quan trọng.

Nếu doanh nghiệp của bạn đang bán hàng online trên nhiều nền tảng và gặp khó khăn trong việc quản lý doanh thu, hóa đơn và thuế GTGT, ACC Training có thể đồng hành xây dựng hệ thống kế toán phù hợp với mô hình thực tế.

Liên hệ ACC Training

ACC Training – Dịch vụ kế toán thương mại điện tử

📞 Hotline/Zalo: 033 871 4414
📧 Email: ketoanacctraining@gmail.com
🌐 Website: ketoanacctraining.vn
📍 Hà Nội

ACC Training – Giải pháp kế toán thương mại điện tử giúp doanh nghiệp kiểm soát doanh thu, hóa đơn, thuế và dòng tiền hiệu quả.

Lưu ý: Nội dung trên mang tính cung cấp thông tin chung. Thuế suất và điều kiện áp dụng cần được xác định theo từng loại hàng hóa, dịch vụ và tình trạng thực tế của doanh nghiệp. Các quy định về thuế, hóa đơn điện tử đang được cập nhật trong năm 2026 nên doanh nghiệp cần kiểm tra văn bản hiện hành trước khi thực hiện kê khai.